On dit que les Indiens et les Chinois connaissaient la variolisation avant le xie siècle mais ces origines précoces sont remises en cause par certains auteurs.
La pratique de l'inoculation était également connue en Afrique depuis plusieurs siècles car c'est de son esclave Onésime que l'appris le pasteur américain Cotton Mather.
La première mention indiscutable de la variolisation apparaît en Chine auxvie siècle.
Il s'agissait d’inoculer une forme qu’on espérait peu virulente de la variole en mettant en contact la personne à immuniser avec le contenu de la substance suppurant des vésicules d'un malade.
Le résultat restait cependant aléatoire et risqué, le taux de mortalité pouvait atteindre 1 ou 2 %. La pratique s’est progressivement diffusée le long de la route de la soie.
Elle a été importée depuis Constantinopleen Occident au début du xviiie siècle grâce à Lady Mary Wortley Montagu. Voltaire y consacre en 1734 sa XIe Lettre philosophique, « Sur la petite vérole », où il la nommeinoculation en lui attribuant une origine circassienne et en précisant qu'elle se pratique aussi en Angleterre :
« Un évêque de Worcester a depuis peu prêché à Londres l'inoculation ; il a démontré en citoyen combien cette pratique avait conservé de sujets à l'État ; il l'a recommandée en pasteur charitable. On prêcherait à Paris contre cette invention salutaire comme on a écrit vingt ans contre les expériences de Newton ; tout prouve que les Anglais sont plus philosophes et plus hardis que nous. Il faut bien du temps pour qu'une certaine raison et un certain courage d'esprit franchissent le pas de Calais »
En 1760, Daniel Bernoulli démontra que, malgré les risques, la généralisation de cette pratique permettrait de gagner un peu plus de trois ans d’espérance de vie à la naissance. La pratique de l'inoculation de la variole a suscité de nombreux débats en France et ailleurs.
Pour la première fois, des années 1770 jusqu'en 1791, au moins six personnes ont testé, chacune de façon indépendante, la possibilité d'immuniser les humains de la variole en leur inoculant la variole des vaches, qui était présente sur les pis de la vache.
Parmi les personnes qui ont fait les premiers essais, figurent en 1774, un fermier anglais au nom de Benjamin Jesty, et en 1791, un maître d'école allemand au nom de Peter Plett.
En 1796, le médecin anglais Edward Jenner fera la même découverte et se battra afin que l'on reconnaisse officiellement le bon résultat de l'immunisation. Le 14 mai 1796, il inocula au jeune James Phipps, âgé de 8 ans, du pus prélevé sur la main de Sarah Nelmes, une fermière infectée par la vaccine, ou variole des vaches.
Trois mois plus tard, il inocula la variole à l'enfant qui s'est révélé immunisé.
Cette pratique s'est répandue progressivement dans toute l'Europe. Le mot vaccination vient du latin : vacca qui signifie « vache ». Un auteur récent – reprenant en cela un débat ancien qui avait commencé dès Jenner – fait remarquer que la pratique aurait pu s'appeler « équination » vu l'origine équine de la vaccine.
Il est par ailleurs attesté qu'en de multiples occasions des lymphes vaccinales ont été produites à partir de chevaux (l'un de ses premiers biographes rapporte même que Jenner a inoculé son fils aîné, en 1789, avec des matières extraites d'un porc malade du swinepox).
Le principe d'action de la vaccination a été expliqué par Louis Pasteur et ses collaborateurs Roux et Duclaux, suite aux travaux de Robert Koch mettant en relation les microbes et les maladies.
Cette découverte lui permit d'améliorer la technique.
Sa première vaccination fut la vaccination d'un troupeau de moutons contre le charbon le 5 mai 1881.
La première vaccination humaine (hormis la vaccination au sens originel de Jenner) fut celle d'un enfant contre la rage le 6 juillet 188513. Il faut remarquer que contrairement à la plupart des vaccinations, cette dernière fut effectuéeaprès l'exposition au risque – ici, la morsure du jeune Joseph Meister par un chien enragé et non avant (le virus de la rage ne progressant que lentement dans le système nerveux).
